由于鲜鸡血过敏性血清反应严重，静安区卫生局与上海生物化学制药厂协作，将鲜鸡血制成脱敏鸡血粉，“经试用观察，未见任何反应”。于是，在1962年下半年开始，该局就停止使用鲜鸡血，改用鸡血粉。截至1964年底，共试用15000多人次，均无反应，“并具有一定近期疗效”。
俞昌时十分不满，认为是个别专家“夸大反应”，否定疗效，使鸡血的研究机构工作停顿。而制鸡血粉，“不仅大大失去疗效，且仍有反应，而且制造繁复，成本高昂，正与多快好省的精神相反。”
据俞自述，从1959年搞鸡血起，他坚持每隔一两天必定注射一次，有时每天注射，毫无不良反应。“我是拿它当最好的营养品来滋补身体。长期应用下去，可以达到‘有病可以治愈，无病可以健康’的‘祛病延年’”，甚至可以“返老还童”。他还让爱人以及一些老友试用，“都获得了很好疗效”。
据他统计，自己5年来亲身注射鸡血的疗效至少有24种，胆石症、丝虫病、脚肿、心脏病、老花、腹泻、睪丸硬化、冻疮、褥疮、脱皮、脱发等病痊愈，而且精神健忘乐观，视力增进，抵抗力强，面色红润，不怕冷，性欲旺，睡眠佳，大便畅，无任何病痛。
上海卫生局后来的调查报告称，不愿和研究小组继续合作的俞昌时，让病人到他家中治疗。打着“技术格命”的旗号，俞昌时听不进任何劝阻。“陈中伟断手再植接血管算不了什么，我也会做，鸡血疗法才是真正超国际水平的”。
报告称，俞还向全国各地印发大量夸大疗效的宣传材料。据不完全统计，有二十七个省、市(县)的医疗单位或个人收到了俞的宣传资料，鲜鸡血疗法被说成“能治六十几种痼疾的鲜丹神药”。在俞散发的材料中，一是标榜“鸡血疗法”“国际领先”，所以中央指示要“秘密研究”。二是宣扬有很多“老干部”私下使用。在他印制于1964年8月的《鸡血疗法》一书中，辑录了一百多个病例，其宣传方式与现今充斥电视和报刊的各类神奇“秘方”几乎如出一辙。在信息闭塞的年代，“中央指示”和“老干部”私下享用的“秘密”之说具有很强的蛊惑性。“所以目前在全国各地流传很广，影响很大，有的群众抱着鸡求医注射甚至自己注射。各地卫生部门也纷纷来信或者派人来沪了解求治，情况相当混乱”。 上海卫生局后来的调查报告说。
禁止与质疑
坚持打了几年鸡血后，俞昌时“老是感到我的力气好像大得不得了似的，总想试试一拳头打通墙壁那样的猛劲。……又有些同事们感到我的性情似乎比以前急躁些，我自己倒不大感到，如果真的话，我想也可能是经常打鸡血的原因——由于雄鸡好斗！”
1964年，一肚子怨气的俞昌时开始爆发。他在一份材料中诉说自己的委屈：鸡血疗法创立五年来，日夜操劳，每晨五时左右即起身，养鸡养兔、扫清洁，夜间给病人注血，给自己和爱人注血，又给兔子静脉注血。又经常跑老远给病家注血，写鸡血材料，和各地搞鸡血的同志们通信及往来联系。自己的粮食不够吃，还勉强支持供应鸡饲料，所有用品和饲料，都是自己贴钱。
“当此，党中央号召全国上下一致奔赴‘三大格命’运动的大学之年、大比之年和坚决贯彻‘百花齐放，百家争鸣’的精神时节，我要把隐忍5年偷研鸡血的痛苦心情和实际情况，向党和政府申诉出来，要求党和政府中心领导，各方人士一致共同协作共同研究，为创造祖国新医药学派而共同奋斗。”他在这一年5月写道。
12月12日，俞昌时给卫生部写信，要求：早日组织中央鸡血研究会，调他到京做“高深的鸡血疗法的研究工作”，在全国各高级医疗院校组织鸡血疗法研究组，研究并临床应用。而同一天，俞还写了一封致“中央科学院郭院长并转诸位首长和同志们”的信，要求其组织人员，调查研究后大力支持并倡导“鸡血疗法”。
1965年6月12日，上海市卫生局召开了专家座谈会，坚持认为：鲜鸡血是有异性蛋白过敏性血清反应存在，不安全，“目前虽未发生死亡事故，但如继续应用下去，意外事故势所难免，特别鲜鸡血治疗对象均为慢性病，该病本身无多大危险性，而治疗却冒着危险更值得考虑。”半月后，卫生局写了《关于鸡血疗法的情况卫生局写了《关于鸡血疗法的情况和处理意见的报告》呈送卫生部，称将限令俞立即停止私自给病人注射鲜鸡血试验的行为。
7月23日，卫生部下发了《关于“鸡血疗法”的通知》，同意上海市卫生局调查报告的看法和处理意见，通知强调，“今后，应禁止医务人员用鲜鸡血给病人治病，以免发生过敏危险。群众要求医务人员用鲜鸡血给予治疗者，应加以劝阻。对于群众中流行的各种传说，应进行必要的澄清和解释。”“仅以对妇科月经过多的疗效，可以达到100%，这难道不是对人类的贡献？”在俞的自述中，“鸡血疗法”当时也得到了“医务界许多正直而前进的人士”一致“公认”。尤其在中医界，一些有名望的中医，认为它是祖国医学的固有遗产，应发扬光大，作为创造我国新医药学派的重要项目之一。
而且，俞昌时并不满足于肌肉注射鸡血，而是“现已成功地发展到对人作静脉注射”，虽然尚在缜密试用中，“但望其前途，将是对人类更大贡献的发展方向”。
对于卫生部的禁令，俞当然不服气。
10月5日，《武汉晚报》“科学与卫生”版上刊载了一篇署名“红光”的文章，题目为”鲜鸡血注射真能医治百病吗？”副题为“鲜鸡血注射非但不是万灵药而且危险性很大”。 俞昌时对这篇文章进行了反驳。
“老实说，我当医生这些年来，还是第一次听过这个方法”。针对红光的第一句话，俞反驳说：这句话看来很容易误会，以为红光同志的思想中一切未听说过的新事物，都是要不得的，那么毛主席最近的“有所发现，有所发明，有所创造，有所前进”的指示，红光同志难道没有学过？
而红光文中所说请教老医生、查资料，俞反驳说：最近党中央更是大力提倡赶超世界先进水平，并且希望也让别人来赶赶我们。我们医药卫生界也更应该如此，如果光是利用图书馆查资料，找老中医而不去民间做深入的研究，自己不实践，甚至还禁止别人研究。那不是本本主义＋旧框框＋洋框框＝保守主义思想吗，还怎么能突破常规，有所前进呢？
对于红光提出要尊重“科学依据”，俞认为，和马克思主义的不断格命论一样，科学依据是不断发展的，“祖国医学，绝大部分还不是没有科学根据吗，如果处处要宣传科学根据，那样你就当不成医生了。”
“医务界一般说安全第一，疗效第二，药理上看，反应超过5%就不能临床应用”。对于红光文中重申的这一常识，俞反驳说，“我们认为这样的说法也不能一概而论，也是旧框框，根据辩证法，有正必有反，有作用必有反作用。中医理论内经上说，服药不发生反应的话，那病也不会好。很多针灸老医生说，有晕针的，效果反而更好。如果疗效很好，反应很大，甚至有死亡事故发生。还是推荐临床。”他甚至举例说，如果对斯大林的评价是功大于过，说他是对格命有贡献的领袖，那么，如果有利于大多数人的事业，即使有些人牺牲也应该做，“对医药卫生事业也应该作如是观”。