当局的真实用意，十分模糊，可能是一种吓阻，给雷震一个明确的警告，“你再胡来，我们就不客气了！”，也可能借此试探一下国外舆论反应，特别是美国的官方态度。
出乎国民党人意料之外的，党内的开明派如成舍我、胡秋原等，并不以当局的手段做法为然，认为这场官司打下去，国民党和政府“一定名誉扫地”。原任发行人的胡适，也挺身而出，撰《容忍与自由》一文，委婉地向蒋氏父子档表态，因此，当局暂时鸣金收兵，讼案告一段落。
当局的“宽大”，原希望雷震有所警惕，其奈，雷顽强固执的个性，和追求信念的精神，只同意停火，而不停战，且挑战性愈来愈强，相对地国民党的敌性也愈升愈高。一九六0年九月四日，终在事非得已的情况下，下令逮捕雷震。
其实，政府明知“在今日国际形势下必发生于我不利之反响”，[16]蒋先生于拘雷之外有很多途径，足资选择，如查禁《自由中国》，强迫改组等，可是，当局“经过长期慎重考虑”的结果，宁可采取前者的原因，打击萌芽中的新党，乃成为捕雷的主体目标。
四日上午九时，雷震和该刊主编傅正，经理马之骕，会计刘子英同时自住宅带走，送进西宁南路三十六号的保安处“黑牢”内，“先用疲劳讯问，继则威胁利诱”，强迫刘子英承认是中共派遣的间谍，且雷预知全部内情，俾造成雷震“明知为匪谍而不告密检举”（“戡乱时期检肃匪谍条例”第九条）的罪名。
经国用过相同的方法，对付情敌任显群，比康熙皇帝单靠文字狱整人，的确技巧上，大跨一步，也容易判十年徒刑。另一方面，单从《自由中国》所刊过的文章中，“断章取义，东拼西凑，张冠李戴，和改头换面”，罗织雷的罪名，究难昭信于世人。
特务机构先派洪国式和雷同间，拟由洪诬雷为“匪谍”。讵料，雷说“洪国式不但不肯诬陷我，反而同情我，要我说话当心。”
洪国式这着棋失败了，改向刘子英下手。雷说：
“因为刘子英是我担保入台的，抵台时又住在《自由中国》社里面，而我又一再给他介绍工作。如果刘子英能够自认是匪谋而又告诉了我，那就可以课我以叛国之罪，在‘莫须有’的表面上，总比较好看一点。至于这样做法，是否丧尽了良心和伤天害理，那就完全不顾了。过去许多王朝时代就不必说了，为了家天下和个人统治起见，清末的那位慈禧固是如此，民国的袁世凯亦复如是。刘子英在受不住威胁利诱的情形下，就‘自认是匪谍，而且告诉了雷震。’被迫缮写‘自白书’而六易其稿，始得警备总部当局和国民党中央党部主持‘雷案’的人，大为满意。其条件则是警备总部，当然就是国民党及其政府豢养刘子英的一生和其大陆的家属”。[17]
逮捕雷震，举手之劳；防悠悠之口，可就不简单了。九月五日，警总政治部主任王超凡举行记者招待会，一口咬定雷“涉嫌叛乱”，但事实如何，搪塞以对。又说：警总系根据“惩治叛乱条例”第十条采取行动。第十条规定，在戒严区域内，不论犯本条例之罪者为军人，抑为非军人，概由军事机关审判。
王超凡同时以书面文件，公开指责《自由中国》的言论文字，涉嫌叛乱，国民党中央党部，不甘落后，亦以言论摘要配合。
司马桑敦在其《雷震与〈自由中国〉半月刊》一文中，摘要归纳如下：
“（1）倡导反攻无望。引用《自由中国》第七卷第七期的《反攻大陆问题》中文例：‘而马上就要回大陆这一假想，又是颇为渺茫。一个国家的一切做法都是建立在这样一个渺茫的假想之上，这是太不稳健了。一群人在这样一个渺茫的假想之上活动，哪里会生死以之、全力以赴？’文件作者认为这种说法影响民心士气，莫此为甚。
（2）主张美国干步我国内政。引用《自由中国》第十八卷第六期社论：《中国人看美国的远东政策》中说‘假若美国今后改换一个方式，把这种经济援助的重心，不专放在各国的政府上面也放在各国的人民，或严格规定凡接受美援者，必须遵守国内言论自由、保障人权、一切案件公开审判、经济政策符合平民大众利益，及司法独立等为前提条件，那我们相信东南亚各国没有一国的人民会反对这种干涉’。又引用《自由中国》第二十二卷第十二期社论《欢迎艾森豪威尔总统访华》文：‘试想，如果由上而下的改革竟被事实证明为无法走通之路，则中国将面临怎样一个可怕选择，流血？政变？还是让绝望来销蚀人民的反共意志？’文件作者认为这篇社论，将‘流血’‘政变’来激动艾森豪威尔总统干涉我内政。
（3）煽动军人愤恨政府。文例引自《自由中国》第十七卷第四期社论：《我们的军事》内有：‘但军人生活的困难，内心的苦闷，实已相当的严重’，‘这种现象，还不够严重吗？任其发展下去，我们军事将成一个什么样子，真可以使你想起来发抖！’文例又引《自由中国》第二十卷第二期读者投书《革命军人为何要以‘狗’自居？》等文，认为《自由中国》用意在煽动军人情绪，为其企图颠覆政府重要对象之一。
（4）为共匪作统战宣传。引用《自由中国》第十九卷第八期社论：《认清当前局势展开新运动》，内有：‘于是乎台湾一天一天地走向孤立的道路。这种统治的结果，使整个政治机能愈来愈僵固，政治的格局愈来愈狭小’，又有：‘我们兹举几项最需要办的事项如下：取消一党专政；取消党化军队；取消浪费青年生命，制造个人势力的青年反共救国团；取消党化教育。’文件作者认为这些文字均证该志煽动海内外人民，颠覆政府，另组政府或投向其他政权之阴谋。
(5）挑拨本省人与大陆来台同胞间感情。引用《自由中国》第二十三卷第二期社论：《台湾人与大陆人》，内有‘司法成了政治乃至政党的工具’。除司法以外，警察与税吏是各行各业的人经常接触的，他们的横行霸道，更为一般人民所最感头痛，无怪乎这三个部门在省议的质询中称之为‘台湾三害’。‘可是在若干台湾人的心目中，统治台湾的是大陆人’。
又引用《自由中国》第十九卷第七期社论：《台湾人对陈内阁的期望》，内有：‘在中央各院部会中竟没有一个台湾人，这是不是能够使台湾人相信我们已经恢复了国家主人翁的地位呢？’
文件作者认为这是该刊挑拨拨台湾人不应受大陆人的统治。
(6)鼓励人民反抗政府流血革命。引用《自由中国》第二十二卷第十期社论：《反共不是黑暗统治的护符》，内有：‘自古至今，统治者太专横、太霸道、太自私，以至叫人忍无可忍的时候，大家就要冒着生命的危险来反杭的。’”
又引用同期另一篇社论：
“《我们为什么迫切需要一个强有力的反对党》内有：‘国民党如果执迷不悟、自私自利，那么只有等待再革命吧！再流血吧！’文件作者认为自南韩与土耳其政变后，《自由中国》一再为文鼓动人民效法韩土政变，掀起流血革命，以图颠覆政府。”[18]
证明经国在下令拘捕雷震之前，早做好一切周详的准备。简言之，发动舆论，使用特务手段，发挥军法制裁的力量，而且，有不达目的誓不休的决心与气魄。
雷震被捕的消息，不胫而走，熟悉台湾情况的观察家，认为是意想中事，但外国报纸，仍惊奇不已，圣路易城的《邮讯报》发表社论说：
“叛乱的定义是‘意图叛乱却因缺乏公开的行动而无法达到之行为’。显然的，在中华民国反对蒋总统就是叛乱。雷先生的《自由中国》杂志，据说曾刊载过那些讨厌的看法。例如，蒋总统的政府太弱，无法光复大陆；党化蒋总统的军队；美国应该监督其对台湾美援的处置，以保障人权。这些意见听来都不象叛乱，美国政治人物在总统竞选中要说比这些更坏得多的事物。”[19]