另一边对于鼬来说唯一的好消息就是，乌丸莲耶没有带走APTX4869的数据，同时他身边比较重要的几个帮手很快就全部落网，他们被迫的交代了乌丸莲耶的安排和位置，随后被关押起来等待着最后的审判。
一个没有任何异能的世界里面，大家比拼的是金钱和实际，在金钱方面鼬比不得乌丸莲耶，偏偏他的能力凌驾于整个世界之上，就算是乌丸莲耶也拿他没有任何的办法。
乌丸莲耶已经摸清楚所有与鼬有关的人，并且对他们进行了暗杀，只是这部分的人都有自己的手腕和力量，对于乌丸莲耶并不怎么忠心的佣兵很快就进行了倒戈。
在鼬的一步步紧逼之下，乌丸莲耶决定背水一战，他想要用毁灭整个东京坐在代价，偏偏他的计划还没有开始就已经结束，中途安排了贝尔摩得潜入乌丸莲耶身边的鼬，提前调换了乌丸莲耶准备的所有的炸·弹。
最终鼬给了乌丸莲耶一次机会，他让贝尔摩得给了已经被围剿的乌丸莲耶一张卡片，上面是鼬安排最后见面的地方。
已经背水一战失败的乌丸莲耶没有任何拒绝的理由，他甚至还有最后一丝丝的希望，能够和鼬的对决之中赢得胜利。
只可惜他高估了自己，低估了鼬。
在橙红色的手臂遮挡住了乌丸莲耶的武器之后，这位称霸了多年的乌丸莲耶终于承认自己失败了。
那是他从未涉及，但是有充满了欲·望的能力。
所以在乌丸莲耶被逮捕之后，他对鼬说道：“我的躯体，我还会回来的。”
已经看见咸鱼黎明的曙光的鼬摊开手，他对于乌丸莲耶的话并不在意。
“不，你永远都不会。”
他会接受到最公正的审判，同时因为黑衣组织的很多事情涉及了多个国家，所以乌丸莲耶需要接受的审判并不仅仅是日本而已，他会永远的被关押在监狱的最底层之中，永远没有办法见到天日。
“我想终究有一天乌丸莲耶他会后悔自己最开始醒来的决定。”
……
铃木次郎吉对于鼬有着很多的赞赏，所以在他的帮助还有公安的帮衬之下，已经在鼬和乌丸莲耶的战争中被清洗了一半的黑衣组织，终于按照鼬的要求和想法走向了一个新的世界之中。
同时江户川柯南吃下了毛利兰保护回来的APTX4869的解药，从新的变回了工藤新一，至于灰原哀则是没有做好准备，她依然想要这幅年轻的样子，因为只有这样才能让她忘记过去的痛苦。
鼬用这一次做的贡献给琴酒还有贝尔摩得争取到了一点福利，琴酒和贝尔摩得都会接受法律的审判，但是身上没有什么人命案的贝尔摩得被宽大处理，在一系列的审判之后鼬把她交给了毛利兰进行监督，让贝尔摩得从此之后不会再做任何的坏事。
同时琴酒对于自己做过的事情供认不讳，法庭看在公安还有FBI仅有面子上做出了一些宽大处理，琴酒在进入监狱之前和鼬进行了单独的见面，这位完全忠诚于黑衣组织的男人，对鼬说他很赞同现在的黑衣组织的存在，这样才可以让他们越走越远。
而且琴酒从来不认为黑衣组织转变之后就是完全的光明。
“因为光明和黑暗交织在一起，才是真正的世界。”
黑衣组织的黑带给了它更好的光，所以琴酒原因相信这样的黑衣组织可以有更好的未来。
波本安室透回复了自己的名字——降谷零，随后人也回到了公安之中进行述职，他已经完成了推翻黑衣组织的命令以及自己的夙愿，因为他的特殊贡献他将会在公安之中走向一个新的台阶。
而同样身为卧底的赤井秀一则在思考之后拒绝了回到FBI之中，他已经习惯待在鼬身边的日常，顺便他也很好奇少年会带着新生的黑衣组织走向一个怎样的未来。
更加主要的赤井秀一等待着鼬答应他的事情，或许在宫野明美去世之后很多感情都已经变的淡然，但是如果有机会，赤井秀一希望能够看见她重新露出明媚的笑脸，至少这样失去了一切的灰原哀也能有一个依靠。
鼬答应过的事情绝对会做到，所以他在这个完全没有异能的世界里面第一次拿出了书，并且在书上写下了宫野明美的名字。
按照在横滨是织田作之助交给鼬的办法，鼬非常认真的写下了关于宫野明美的事情，并且彻底的抹掉了她死亡的事实。
……
鼬把新的黑衣组织交给毛利兰的时候，是乌丸莲耶被审判的一年之后，快速跳级的毛利兰已经进入了大学，并且拥有了更多自由的时间。
毛利兰的事情终归没有瞒过铃木园子，了解到了一切的铃木园子做出了一个决定，曾经的大小姐准备正式开始学习家族企业的管理，这位毛利兰从小到大的闺蜜决定，如果毛利兰想要成为一位特殊独立的存在，她就会成为毛利兰背后最大的支柱。