一件，是找到让自己恢复原样的解药。
另一件，则是找到并把那个害了他也害了无数人的黑衣组织一锅端了。
前者他凭借主角光环吸纳了黑衣组织制作这个药的成员，宫野志保，现在也服了毒药变小改名叫灰原哀，目前一直在研究解药，让他看到了自己恢复原样的希望。
而后者，在找了几次都或是棋差一招或是找错人之后，柯南终于又一次找到了希望，而这个希望就是当时他一开门见到的那个穿着黑色风衣的女人——莫亚。
事实上莫亚一开始的准备都是有必要的。
比如准备各种问题的答案，比如对自己的身份作解释，比如为自己设定人设等等，但唯一做错的一件事情就是认错了主角，于是她把太多的精力花在了毛利小五郎的身上，却无暇去顾忌在她眼里还是小鬼的柯南。
这才让柯南发现了她的破绽，最后认定了她是黑衣组织的一员——
莫亚说自己是个中途休学的大学生，练过些古武术，可实际上她的身上带着杀气，有时候（发现溯行军的时候）会不由自主地透露出来，让柯南和灰原哀感受到那股敏锐的杀气，一个单纯像小兰这样学习些大家本领的人是不可能有杀过人的血腥气息的；
同时，莫亚对现代科技运用也不是很熟悉，这让柯南猜测这大概是小时候就被黑衣组织收养与世隔绝习武什么的，就跟那些特工电视剧电影一样，才导致的结果；
再加上这些日子他们破了那么多案子，与各式各样的人交往接触，以柯南的观察力很快就发现其实住在家里的莫亚和对面宠物店的大俱利、超市收银员长谷部以及那两个刚出道的明星是认识的，明明认识却假装不认识，柯南觉得他们一定有什么不可告人的目的，并且他们的一定来自于一个组织，至于这个目的……
很有可能就是要杀掉谁！
有组织、喜欢穿黑衣服、有杀气、会杀人……
不是黑衣组织还有谁？！
找黑衣组织找得都快要入魔曾经还干过在大街上发现一伙穿着黑衣服印□□的人就当做黑衣组织的柯南在得到了条件之后立刻简单粗暴地断定。
而实际上莫亚干的事情和黑衣组织还真差不多。
一样是在人群中寻找叛徒，呸，寻找不是自己人的人，一样是把人找出来之后偷偷摸摸给杀了，一样是深藏在人群之中相互假装不认识实际上一个小组一起行动……
因此柯南误会了。
因此柯南也行动了。
他原本只是打算跟踪半夜出门的莫亚看看她到底找谁，没想到自己的举动被少年侦探队的其他人给发现了，变成了一个集体行动，于是就闹出了那一出集体出动目睹莫亚和刀剑斩杀溯行军的场面，又连带着报了警。
柯南当时也只是想利用警方把人抓住再细细盘问，却不想找不到尸体。
所以他选择了再一次跟踪，同样不服气的少年侦探队比他还利落，找到了一期一振买的那一大堆箱子，干脆搬空了一个，五个小孩子就这么在柯南无法大声说话的情况下一起躲进了箱子里，即使柯南再想要阻止也没了办法。
柯南的身上有个定位仪，他在来之前联系了阿笠博士，只要等他身上的定位在某个地方停留的时间超过十分钟，阿笠博士就会立刻报警，这个世界警察的出警速度还是很快的，这也是柯南会出来跟踪的原因，但是他怎么也没想到，不过是来跟踪一群罪犯想要找到他们的老窝而已，怎么一出箱子他们就——
穿越了？！
那三个真正的小孩子并没有发现这个事实，他们一开始以为这群人是杀人犯，自己被发现后会被杀，所以才鼻涕眼泪一起流，但很快元太、光彦和步美就发现这里有很多和他们差不多大的孩子，同龄人之间的交流让他们逐渐放下了警惕心。
刀剑们的外表长得都十分之好，各种类型的都有，性格虽然有的很别扭，但对于人类的孩子，亲近人类的刀剑总是下意识会对他们软语和爱护。
小孩子都是靠直觉生活的动物。
感受到了友善的气息，吃着烛台切和歌仙制作的神奇的东方美食，步美玩着短刀们、石切丸和太刀太郎当初为了解决本丸经济问题做的拿出去卖的欧刀手办，对比着其中的三头身手办三日月和真人三日月，被乱带着一起给玩偶们换装，瞬间那些紧张不安就消失不见了。
另一边，元太和光彦则被带到了手合室，堀川和和泉守临危受命，给这两个小小男子汉表演了一场刀剑对打，霸气的吼声和华丽的动作看得两个小小少年眼睛都直了，只顾着惊呼和拜师，哪里还记得之前的事情？
加上警方当初也没查到证据，三个孩子也就觉得，也许是他们真的看错了呢？
毕竟这些哥哥们长得这么好看，怎么会杀人呢？
他们是这么这么的好看！
在颜值的美丽之下，三个天真的孩子就这样晕头转向改变了立场，开始和短刀们玩了起来。他们见到了留在本丸正在做手工的小蛙，到笑面青江的屋子里撸了一把小松丸，鹤丸国永给他们表演了一下什么叫一个跟斗八千里，一期一振带着他们玩起了荡秋千。
而另外两个实际上是大人表面上却是小孩子的假小孩则从刀剑们粗糙的遮掩下发现了一把会自己扫地的扫帚（扫帚精）、会自行变成老虎的小孩（五虎退），还有许多违背他们所生活的那个世界的常理的生物与非生物。
排除了所有可能的选项，最不可能的唯一一个答案就是最终的答案——
柯南和灰原哀不得不承认，他们大概真的是穿越了。
于是灰原哀选择了找到本丸对药理和医学有些研究的药研，开始互相分享各自在医学医药领域探索的成绩，随遇而安。
而柯南则决定等本丸的主人莫亚回来，开门见山地和她谈论一番，并且让她送他们一行人回去。
……
……
此时，被柯南惦记着的莫亚正和上野一起和一群老狐狸进行着艰难的谈判。
事实上艰难只是对于莫亚一个人来说的，那些讨价还价，那些你来我往，莫亚很多时候都处于半懂不懂状态，即使她已经跟随自家老师学习了不少政治的事情，但毕竟才刚入门，一上来就打最后大BOSS——
可不是一刀下去不见血，人家一刀下去她就吐血身亡么？
但对于深谙其道的上野来讲，这场谈判其实比他预想的要轻松很多。
就像是莫亚一个人就可以说服那个世界目前的政府首脑向着他们一样，上野早在先前就靠着正义者联盟里面的审神者们与这里在座的大部分政府首脑都有过接触，不少在会上看来好像和他讨价还价吵得跟他杀了人家亲妈似的，实际上他们早在会前就已经达成了共识，如今这一套一套不过是政治上的套路而已，为的是让那些不知情的世界政府首脑随大流最后和他们一起同意合作。